時は大航海時代。英国女王もが狙う莫大な財宝が隠された島。海賊王ドレークをはじめとする荒くれものたちの垂涎の的であった。しかしこの島の別名は"怪獣島"。怪獣たちの住処でもあった―。その猛威にスペイン無敵艦隊さえも海の藻屑となり果てた。ゴジラ、そしてエビラ！海賊たちとゴジラ、エビラの三つ巴の物語が始まる。